廣東
近日，華中農業大學玉米團隊在Plant Biotechnology Journal期刊上發表題為“PlantCTCIP: Chromatin Interaction Prediction using Convolutional Neural Network and Transformer in Plants”的研究成果。華中農業大學信息學院博士研究生王振業（現河南農業大學青年教師）、碩士研究生周思妤和已畢業本科生郭澤為論文共同第一作者。華中農業大學信息學院、作物遺傳改良全國重點實驗室劉建曉教授和作物遺傳改良全國重點實驗室博士后彭勇為該研究工作共同通訊作者。
該研究開發了一種基于Convolutional Neural Network and Transformer的植物（玉米、水稻、棉花和小麥等）染色質交互預測模型PlantCTCIP。在基因啟動子近端交互(PPIs)和基因與遠端調控元件交互(PDIs)兩種模式下，PlantCTCIP比現有模型的AUC均值分別提高了14.56%和9.6%?；赑lantCTCIP模型，該研究構建了四個作物的全基因組染色質互作圖譜，挖掘了影響染色質交互的重要基序。研究發現，影響染色質互作的基序及其轉錄因子協同網絡呈現顯著的物種特異性。進一步，研究團隊將已克隆的基因（ZmRAVL1, ZmRPG, GaFZ等）作為實例，結合染色質構象捕獲實驗（3C）得到PlantCTCIP，可以輔助識別遠端元件調控的靶基因和挖掘功能位點。
PlantCTCIP在預測多植物染色質相互作用方面的性能（以shoot數據集為例）
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