武漢病毒所、廣州國家實驗室等團隊 | 16年揭示蝙蝠病毒共生機制：SARS相關冠狀病毒共感染真相

2002年的SARS疫情、2019年的新冠疫情，兩次全球性公共衛生事件都將溯源的目光投向了蝙蝠，讓我們深刻意識到了解蝙蝠體內的病毒生態就是守護人類自身安全的重要防線。

然而，長期以來，我們對蝙蝠病毒的認知大多停留在單一病毒的檢測與追蹤上，卻忽略了一個關鍵問題：當蝙蝠攜帶SARSr-CoV時，它的體內是否還存在其他微生物？這些微生物之間是否會相互作用，進而影響病毒的致病性和跨物種傳播風險？

由中國科學院武漢病毒研究所、廣州國家實驗室等機構聯合開展的一項長達16年的監測研究，終于揭開了這一神秘面紗，相關成果發表于《Virologica Sinica》，題為“Individual virome analysis reveals the general co-infection of mammal-associated viruses with SARS-related coronaviruses in bats”，這篇文章為我們理解蝙蝠病毒的共循環機制、提升疫情防控能力提供了全新的科學視角。

這項橫跨2004至2019年的研究，覆蓋了我國南方和中部10個省份，聚焦9種蝙蝠，最終篩選出238份SARSr-CoV陽性樣本，并從中選取76份高質量樣本進行宏基因組測序分析。這也是目前國內針對蝙蝠SARSr-CoV陽性個體開展的最系統、最長期的病毒共感染研究之一。不同于以往多采用混合樣本測序的方式，該研究首次聚焦“個體蝙蝠”，精準捕捉每一只攜帶SARSr-CoV的蝙蝠體內的微生物組成，避免了混合樣本掩蓋個體差異的局限，讓我們得以清晰看到蝙蝠體內病毒“共生”的真實圖景。

研究團隊通過嚴格的測序與分析流程，不僅檢測到了多種與SARSr-CoV共循環的病毒，還發現了大量可能對人類致病的細菌和真菌，更意外收獲了25個全新的病毒基因組，其中部分屬于從未被發現的進化譜系，為病毒學研究填補了多項空白。

研究發現SARSr-CoV與其他哺乳動物相關病毒存在很高比例的共感染現象。在76份SARSr-CoV陽性樣本中， 19份的樣本至少還攜帶一種其他哺乳動物相關病毒，占比25%。

這些共感染的病毒，不僅種類多樣，來源也各有不同，大致可分為三類。第一類是與蝙蝠長期共存的哺乳動物相關病毒，除了阿爾法冠狀病毒，還包括蝙蝠皰疹病毒、正布尼亞病毒、小RNA病毒、環病毒等，其中蝙蝠皰疹病毒的檢出率高達67.1%，在51份樣本中均有發現，且與人類β皰疹病毒7型存在關聯。第二類是與蝙蝠飲食相關的病毒，主要來自植物和昆蟲，比如屬于布尼亞病毒目的病毒，其主要物種為只感染植物的纖細病毒屬，還有昆蟲相關的痘病毒，這些病毒大概率是蝙蝠通過捕食昆蟲、取食植物等方式攝入體內的。第三類則是與蝙蝠微生物組相關的病毒，包括與變形蟲相關的巨型病毒科、與細菌相關的有尾噬菌體，以及與真菌相關的 Chrysoviridae 病毒科，這些病毒大多依附于蝙蝠體內的共生微生物而存在。

除了病毒，研究團隊還在蝙蝠樣本中發現了多種可能對人類致病的細菌和真菌，進一步凸顯了蝙蝠體內微生物環境的復雜性。在所有樣本中，變形菌門細菌無處不在，這一門類包含了大腸桿菌、沙門氏菌、弧菌等多種致病菌，其中志賀菌和沙門氏菌分別在48份和50份樣本中被檢測到，分布范圍覆蓋多個省份和蝙蝠物種。此外，與李斯特菌相關的細菌在24份樣本中被發現，其中3份樣本的基因覆蓋率超過99%，意味著這些細菌與致病性李斯特菌高度相似。更值得警惕的是，能產生肉毒桿菌神經毒素、導致人類和動物肌肉麻痹的肉毒桿菌相關物種，在75份樣本中被檢出，覆蓋率高達98.7%，部分樣本的基因覆蓋率甚至超過95%。真菌方面，可導致人類肺組織胞漿菌病的莢膜組織胞漿菌，在6個省份的4種蝙蝠樣本中被發現，進一步提示蝙蝠作為微生物載體的潛在風險。

研究的另一項重大突破，是發現了25個全新的病毒基因組，這些病毒分屬于6個不同的病毒科，涵蓋哺乳動物相關病毒、昆蟲相關病毒和植物相關病毒。其中，5個圓環病毒科的病毒形成了環病毒屬的新譜系，與已知病毒的序列相似度僅為8.1%至27%；6個冠狀病毒均屬于阿爾法冠狀病毒屬，其中部分與HKU2相關冠狀病毒相似度較高，另有3個與BtRf-AlphaCoV親緣關系密切；還有1個小RNA病毒、2個細小病毒科病毒，以及10個昆蟲相關的雙順反子病毒科病毒和1個植物相關的 Solemoviridae 病毒，這些新病毒的發現，不僅豐富了病毒基因庫，也為研究病毒的進化歷程提供了重要素材。

這項研究的意義，遠不止于發現新病毒和共感染現象。它首次清晰勾勒出SARSr-CoV陽性蝙蝠體內的微生物全景，填補了以往蝙蝠病毒研究中“重單一病毒、輕整體生態”的空白。

研究團隊指出多種病毒的共感染可能會增加病毒重組的風險——不同冠狀病毒之間的基因重組，有可能產生新的病毒變異株，進而提升病毒跨物種傳播的能力；而蝙蝠體內的致病菌，也可能通過接觸傳播等方式，對人類健康構成潛在威脅。此外，研究還揭示了蝙蝠病毒的兩大主要來源：長期在蝙蝠種群中循環的哺乳動物相關病毒，以及反映蝙蝠飲食和生存環境的環境相關病毒，這為后續的病毒監測和防控提供了明確的方向。

作為自然界中重要的病毒載體，蝙蝠的病毒生態一直是疫情防控的重點研究領域。這項長達16年的堅守與探索，不僅讓我們更深入地了解了SARSr-CoV的共循環機制，也為未來的病毒監測、風險評估和防控策略制定提供了堅實的科學依據。研究團隊表示，后續將進一步深入研究這些共感染微生物之間的相互作用，以及新發現病毒的致病性和傳播風險，為守護人類公共衛生安全筑牢防線。

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/

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