同濟(jì)大學(xué)回應(yīng)的那篇 Nature 論文，有哪些疑點(diǎn)值得細(xì)品

昨天，同濟(jì)大學(xué)發(fā)布情況說明：針對近日網(wǎng)絡(luò)上對我校教師王某發(fā)表的相關(guān)論文數(shù)據(jù)存疑的反映，學(xué)校高度重視，已成立調(diào)查組，啟動(dòng)調(diào)查程序。學(xué)校一貫對學(xué)術(shù)不端行為秉持「零容忍」態(tài)度，將根據(jù)調(diào)查情況嚴(yán)肅認(rèn)真處理。

圖源：同濟(jì)大學(xué)

2024 年 11 月，這篇題為Human HDAC6 senses valine abundancy to regulate DNA damage的論文發(fā)表于Nature。論文提出，HDAC6 可能作為細(xì)胞內(nèi)感知 valine 水平的關(guān)鍵分子，并進(jìn)一步影響 TET2、DNA 去甲基化和 DNA 損傷。由于這一研究同時(shí)涉及營養(yǎng)感知、表觀遺傳調(diào)控和腫瘤治療，它在發(fā)表后很快引起了廣泛關(guān)注。

但隨后，這篇論文也在 PubPeer 上引發(fā)了持續(xù)討論。起初，討論主要集中在圖片和圖版展示上；后來，部分讀者進(jìn)一步把注意力轉(zhuǎn)向了文中的定量數(shù)據(jù)，認(rèn)為其中存在值得認(rèn)真核查的異常模式。

當(dāng)然，不是論文上了 PubPeer 就要被一棒子打死，想弄清事情原委，還是得一件一件仔細(xì)掰扯清楚。

01 這篇論文究竟研究了什么？

這篇論文真正想提出的新意，不是「HDAC6 參與了某條通路」，而是把它提升成了一個(gè) valine 傳感器。作者聲稱，HDAC6 可以通過一個(gè)靈長類特有的 SE14 重復(fù)區(qū)直接結(jié)合 valine；當(dāng) valine 缺乏時(shí)，HDAC6 會從細(xì)胞質(zhì)進(jìn)入細(xì)胞核。

圖片來源：Nature

接下來，論文把 HDAC6 和 TET2 聯(lián)系了起來。

按照作者的模型，HDAC6 進(jìn)入細(xì)胞核后會影響 TET2 的活性，推動(dòng) DNA 去甲基化，并進(jìn)一步通過后續(xù)過程增加 DNA 損傷。換句話說，作者試圖建立一條相當(dāng)完整的鏈條：valine 水平變化 - HDAC6 入核 - TET2 活性變化 - DNA 損傷增加。

論文后半部分又將這條鏈條和腫瘤聯(lián)系起來。

作者在移植瘤和患者來源移植瘤模型中報(bào)告說，限制 valine 的飲食可以抑制腫瘤生長，并增強(qiáng) PARP 抑制劑的效果。文中還比較了不同限制強(qiáng)度，認(rèn)為 0.41% valine 的飲食條件在抑瘤作用和副作用之間表現(xiàn)出一個(gè)相對可接受的平衡。

如果只看主線，這篇論文的敘事確實(shí)很完整：一個(gè)營養(yǎng)分子，一個(gè)新的感知機(jī)制，一條通往 DNA 損傷的分子路徑，最后再落到潛在治療啟發(fā)上。這也是它在發(fā)表時(shí)會迅速受到關(guān)注的原因。

02 最早的質(zhì)疑，首先來自圖片問題

正因?yàn)檫@篇文章備受關(guān)注，所以網(wǎng)友們也提出了不少問題。

最早幾條質(zhì)疑，集中在免疫熒光圖像的重疊和圖版錯(cuò)放上。有讀者指出，不同圖中出現(xiàn)了可疑的重疊區(qū)域；隨后作者之一公開回復(fù)，承認(rèn)存在圖版誤放，并表示已聯(lián)系期刊處理。

圖片來源：PubPeer

如果事情只停在這里，那么它更像一篇高水平論文里并不光彩、但也并非完全罕見的圖版整理問題。真正把爭議推向更嚴(yán)重方向的，是后續(xù)讀者開始分析這篇論文的定量數(shù)據(jù)本身。

PubPeer 上最受關(guān)注的一組質(zhì)疑，集中在圖 4c。根據(jù)原論文圖注，這一部分是對 γH2AX 陽性細(xì)胞比例的定量，每組統(tǒng)計(jì)了 35 個(gè)顯微視野。有評論者先指出，部分?jǐn)?shù)據(jù)的小數(shù)位分布顯得異常整齊；隨后又進(jìn)一步指出，在作者公開的這組數(shù)據(jù)中，把某一列逐行都加上 0.3%，就能得到旁邊一列本應(yīng)獨(dú)立的數(shù)據(jù)；類似地，還有列與列之間呈現(xiàn)逐行加上 2.15% 的關(guān)系。

圖片來源：PubPeer

作者隨后在 PubPeer 上回應(yīng)稱，這些數(shù)值來自 Gen5 軟件對圖像的分析，再按「陽性細(xì)胞數(shù)除以總細(xì)胞數(shù)」換算得到，并貼出了更詳細(xì)的原始計(jì)數(shù)表，試圖說明這些百分比的來源。也就是說，作者的解釋并不是「數(shù)據(jù)錄錯(cuò)了」，而是「軟件分析和計(jì)算流程就是這樣得到的」。

但質(zhì)疑并沒有因此結(jié)束。

之后有評論者繼續(xù)指出：即便接受作者給出的原始計(jì)數(shù)，這些本應(yīng)來自獨(dú)立視野、獨(dú)立計(jì)數(shù)的數(shù)據(jù)，仍然出現(xiàn)了連續(xù) 35 行保持完全相同 0.3% 差值的情況。更進(jìn)一步，有評論者基于概率計(jì)算認(rèn)為，這種現(xiàn)象偶然發(fā)生的可能性極低。這里需要特別說明的是，評論者的統(tǒng)計(jì)論證，不是期刊已經(jīng)給出的正式結(jié)論。

但正是這種分析，讓爭議從「圖片問題」升級成了「數(shù)據(jù)生成邏輯問題」。

另一組高度集中的質(zhì)疑則針對圖 4f。

圖片來源：Nature

評論者指出，作者后來貼出的這一組詳細(xì)數(shù)據(jù)中，70 個(gè)百分比數(shù)值全部只有 1 位小數(shù)。表面上看，這像是四舍五入；但評論者進(jìn)一步對照作者給出的陽性細(xì)胞數(shù)和總細(xì)胞數(shù)后認(rèn)為，很多值并不只是常規(guī)四舍五入，而是恰好落在「只會出現(xiàn) 1 位小數(shù)」的特殊分?jǐn)?shù)位置上。基于這一點(diǎn)，評論者認(rèn)為，如果這些值真是獨(dú)立測得，那么全部都呈現(xiàn)這種格式的可能性也是非常低的。

后續(xù)評論并不只盯著圖 4c 和圖 4f。還有評論者指出，把圖 4c 的 8 列數(shù)據(jù)畫成折線后，其中 7 列的曲線形態(tài)都異常相似；同一條評論還列舉了擴(kuò)展圖 5c、圖 5f、擴(kuò)展圖 6c、擴(kuò)展圖 6m 等位置，認(rèn)為來自不同實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)之間出現(xiàn)了一對一對應(yīng)或高度相似的曲線模式。

圖片來源：PubPeer

換句話說，部分讀者擔(dān)心的問題已經(jīng)變成——

這些原本應(yīng)該彼此獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，為什么會像一個(gè)模子刻出來的。

關(guān)于上述質(zhì)疑的具體內(nèi)容，大家可以移步 PubPeer，看看評論者的觀點(diǎn)和作者的回應(yīng)。

03 目前事件進(jìn)展如何？

截至目前，Nature已于 2025 年 7 月發(fā)布作者更正，明確說明原文中存在三處圖版準(zhǔn)備錯(cuò)誤：圖 2f 中某組 DAPI 與合并圖被對調(diào)，擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖 7k 中 60 小時(shí)的圖片誤取自 48 小時(shí)圖像，擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖 10e 中兩組腫瘤切片圖片不正確。

期刊同時(shí)說明，修正后的圖片已更新到網(wǎng)頁和 PDF 版本，原始錯(cuò)誤版本則作為補(bǔ)充材料保留。

圖片來源：Nature

最新一條作者公開回復(fù)來自通訊作者 Ping Wang。他表示，團(tuán)隊(duì)已經(jīng)啟動(dòng)對原始數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)記錄的重新檢查，正在進(jìn)行一次全面復(fù)核，并會在完成后盡快通知期刊。

圖片來源：PubPeer

換句話說，這件事現(xiàn)在處在一個(gè)比較明確、但還沒有完全結(jié)束的階段：原論文還在，期刊更正已經(jīng)發(fā)布，讀者的更深層質(zhì)疑仍在繼續(xù)，而作者也表示正在全面復(fù)核。

對這類事件，大家最容易出現(xiàn)兩種極端判斷：一種是「既然出了這么多問題，這篇論文肯定已經(jīng)徹底不成立」；另一種是「期刊只是發(fā)了更正，說明問題不大」。當(dāng)然，這兩種說法都過絕對，咱們還得讓子彈再飛一會。

這場爭議最值得關(guān)注的地方，也并不只是「又有一篇高水平論文出了問題」，而是它提醒我們——

一篇論文真正經(jīng)不經(jīng)得起推敲，往往不取決于故事講得多完整，而取決于那些最具體的圖片、最不起眼的計(jì)數(shù)、最枯燥的定量數(shù)據(jù)，能不能在別人逐項(xiàng)核查時(shí)站得住。

論文發(fā)表不是終點(diǎn)，真正的檢驗(yàn)，很多時(shí)候發(fā)生在發(fā)表之后。

題圖來源：圖蟲創(chuàng)意

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