發(fā)表在歐洲心臟病雜志，針對心血管病臨床基因檢測的立場差異討論

近日，安智因生物醫(yī)學(xué)部負(fù)責(zé)人馬懿博士，聯(lián)合阜外醫(yī)院實(shí)驗(yàn)診斷中心項(xiàng)目負(fù)責(zé)人楊航博士，以及華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院心血管內(nèi)科的副主任醫(yī)師李宗哲博士，在IF為29.983的歐洲心臟病雜志（EHJ）上共同發(fā)表了名為“A laboratory viewpoint of the consensus paper from the European Society of Cardiology regarding the utilization of the American College of Medical Genetics and Genomics pathogenic criteria for cardiomyopathy”的文章，針對此前歐洲心臟病學(xué)會（ESC）發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預(yù)性的立場聲明中一些可能引起誤會的美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會（ACMG）解讀規(guī)則從臨床實(shí)驗(yàn)室的角度進(jìn)行討論。

前言

目前，心血管病領(lǐng)域的諸多指南和共識都承認(rèn)基因檢測在遺傳性心血管病臨床實(shí)踐中應(yīng)用的重要價(jià)值及意義，并推薦對大部分疑似或確診的遺傳性心血管病患者進(jìn)行基因檢測，這樣不但有助于明確診斷、鑒別診斷、輔助臨床診療，還可以對高危親屬進(jìn)行篩查，以便排除患病風(fēng)險(xiǎn)低、無需臨床隨訪的親屬，并幫助鑒別患病風(fēng)險(xiǎn)高的親屬，提早診斷、預(yù)防和治療。另外，檢測到明確致病變異后，若有生育健康后代的需求，患者還可以通過產(chǎn)前診斷或植入前遺傳學(xué)診斷（PGD）進(jìn)行指導(dǎo)，以減少相應(yīng)疾病遺傳給后代的風(fēng)險(xiǎn)。

部分指南或共識可能會單純從臨床實(shí)踐的角度或?qū)嶒?yàn)室基因檢測的角度出發(fā)進(jìn)行推薦，而臨床醫(yī)生和實(shí)驗(yàn)室解讀人員則可能更多地關(guān)注基于自己領(lǐng)域的共識與指南。而我們在日常與臨床溝通的過程中，也注意到了臨床醫(yī)生與實(shí)驗(yàn)室解讀人員之間的部分觀點(diǎn)及概念差異。

圖1. 歐洲心臟病學(xué)會發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預(yù)性的立場聲明

這在主要由各國臨床專家組成的歐洲心臟病學(xué)會（ESC）此前在歐洲心臟病雜志（EHJ）上發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預(yù)性的立場聲明（圖1，下文簡稱為聲明）中得到了很好地說明，從基因檢測解讀實(shí)驗(yàn)室的角度看，聲明中一些針對變異解讀的觀點(diǎn)和概念可能會導(dǎo)致誤解。因此，安智因生物醫(yī)學(xué)部負(fù)責(zé)人馬懿，聯(lián)合阜外醫(yī)院實(shí)驗(yàn)診斷中心項(xiàng)目負(fù)責(zé)人楊航博士，以及華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院附屬同濟(jì)醫(yī)院心血管內(nèi)科的副主任醫(yī)師李宗哲博士在EHJ上共同發(fā)表了名為“A laboratory viewpoint of the consensus paper from the European Society of Cardiology regarding the utilization of the American College of Medical Genetics and Genomics pathogenic criteria for cardiomyopathy”的文章，旨在從臨床實(shí)驗(yàn)室的角度針對聲明中變異解讀的一些可能引起誤會的美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會（ACMG）規(guī)則進(jìn)行討論。

文章內(nèi)容

ESC最近發(fā)表的關(guān)于心肌病遺傳變異的解讀及可干預(yù)性的立場聲明強(qiáng)調(diào)了臨床參與在致病性解讀中的重要作用，這對臨床和實(shí)驗(yàn)室團(tuán)隊(duì)未來的遺傳學(xué)研究都有很大的指導(dǎo)意義。然而，從我們實(shí)驗(yàn)室的角度來看，對于一些ACMG標(biāo)準(zhǔn)的使用可能考慮得不夠全面，容易導(dǎo)致一些誤解。

關(guān)于PM6的使用

聲明建議即使無癥狀父母一方無法進(jìn)行檢測，也適用中等致病性證據(jù)PM6（假定為新發(fā)）。如圖2和圖3所示，該聲明建議即使只有無癥狀父母一方的變異呈陰性，而無癥狀父母另一方無法進(jìn)行檢測（如已故），也應(yīng)使用PM6，可假定為新發(fā)。然而，假定為新發(fā)指的是假定身份為親生父母，而不是假定為新發(fā)的狀況。根據(jù)ACMG/ClinGen建議和臨床指南，必須先對父母雙方樣本進(jìn)行檢測，且結(jié)果均為陰性，才能考慮為新發(fā)變異。但事實(shí)上，大多數(shù)心肌病具有外顯率不完全及與年齡相關(guān)的差異性表現(xiàn)度。在我們的日常臨床檢測中，觀察到基因型陽性-表型陰性家族成員（甚至在其60多歲時）的情況并不少見（圖4）。因此，假定所有已故的無癥狀父母都是非攜帶者并應(yīng)用PM6是不合適的。

圖2. 聲明中的圖片摘要。（紅色方框內(nèi)的是PM6標(biāo)準(zhǔn)）

圖3. 聲明中解讀標(biāo)準(zhǔn)PM6的詳細(xì)介紹

圖4. 美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)會（ACMG）致病標(biāo)準(zhǔn)PM6的不當(dāng)使用示例。

注：當(dāng)無癥狀父母一方不能進(jìn)行DNA檢測時，有兩種可能性。在大多數(shù)心肌病病例中，可能性1更常見，此時無法假定為新發(fā)，因此PM6不適用。

關(guān)于PP2的使用

此外，針對心肌病，此聲明似乎對于支持性致病性證據(jù)PP2可能存在過度使用的嫌疑。根據(jù)ACMG指南，PP2應(yīng)僅適用于良性錯義突變發(fā)生率低以及致病性錯義突變?yōu)槌Ｒ娭虏C(jī)制的基因中發(fā)現(xiàn)的錯義突變。ClinGen工作組建議考慮將PP2應(yīng)用于ExAC或gnomAD數(shù)據(jù)庫中針對錯義變異z評分>3.095的基因（評分越高表示相應(yīng)基因轉(zhuǎn)錄本更為保守，發(fā)生錯義變異后致病的可能性越大）。然而，大多數(shù)心肌病基因（如MYL2、LMNA、TNNT2和DES）的z評分都低于3.09，良性錯義突變并不罕見（圖5）。即使對于z評分為3.93的MYH7，ClinGen發(fā)布的針對肥厚型心肌病相關(guān)MYH7的特異性解讀規(guī)則中也不推薦使用PP2，因?yàn)榱夹藻e義突變僅在關(guān)鍵功能域（頭部區(qū)域，氨基酸181-937）內(nèi)罕見，而此區(qū)域內(nèi)的變異已經(jīng)使用重要功能域的中等致病性證據(jù)PM1，因此不再適合使用PP2。但如圖6所示，PP2在聲明中被應(yīng)用于MYH7p.Arg1250Gly和p.Lys1459Asn，即頭部結(jié)構(gòu)域以外的變異。另外，PP2還被用于其他錯義突變是主要致病機(jī)制，但良性錯義突變并不罕見的心肌病致病基因（包括MYL2、LMNA、TNNT2和DES，見圖8）。因此，在聲明中PP2的應(yīng)用有些過于寬松，這可能會導(dǎo)致對致病性的高估。

圖5. 美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)會（ACMG）致病標(biāo)準(zhǔn)PP2的不當(dāng)使用示例。

注：根據(jù)gnomAD數(shù)據(jù)庫（https://gnomad.broadinstitute.org/）中觀察到的/預(yù)期的錯義變異計(jì)算的Z分值（Z），分值越大（如>3.09），說明轉(zhuǎn)錄本越保守，發(fā)生變異更可能致病。gnomAD中記錄的錯義/框內(nèi)插入缺失變異（下組）以及ClinVar中致病性/可能致病性（紅色）、臨床意義未明/沖突的（橙色）和良性/可能良性（藍(lán)色）變異（上組）的數(shù)量，也表明了所有基因中良性錯義變異相對頻繁。該數(shù)據(jù)來自ClinVar于2022年1月4日發(fā)布的數(shù)據(jù)，圖片改編自gnomAD數(shù)據(jù)庫。

圖6. 聲明中對MYH7頭部結(jié)構(gòu)域以外的錯義變異使用了PP2。

不使用PP2和PP5將改變聲明中一些基因變異的致病性等級

如聲明所述，由于各種原因（包括對主要證據(jù)的重復(fù)使用），ClinGen建議刪除支持性致病證據(jù)PP5和良性證據(jù)BP6（圖7）。事實(shí)上，如果不使用PP2和PP5這兩個支持性證據(jù)，聲明中引用的許多變異的原致病性將從可能致病（LP）降為臨床意義未明的變異（VUS）（圖8）。在這種情況下，獲取額外的家系樣本和完整的臨床信息將是提高致病性的最快捷、最簡便的方法。

圖7. 聲明中解讀標(biāo)準(zhǔn)PP5和BP6的詳細(xì)介紹

圖8. 聲明中的PP2、PP5使用示例。

注：如果不使用紅色方框內(nèi)的PP2和PP5支持性致病證據(jù)，相應(yīng)的基因變異的致病性從一開始就達(dá)不到可能致病（LP），只能是臨床意義未明（VUS），對于后續(xù)的臨床指導(dǎo)暫時無明確意義。此前補(bǔ)充更多的臨床信息和樣本驗(yàn)證就會成為提升位點(diǎn)致病性、得到陽性報(bào)告的最快捷便利的途徑。

總結(jié)

對于遺傳性心血管病、尤其是心肌病的臨床基因檢測，在變異解讀的過程中應(yīng)用ACMG致病性判斷規(guī)則時，可能都要略微謹(jǐn)慎一些，因?yàn)檫^高估計(jì)變異位點(diǎn)的致病性最終可能會導(dǎo)致不正確的臨床決策。對于攜帶VUS的患者，如果這些VUS變異高度懷疑是致病性的，但仍然缺乏一些致病性證據(jù)（如一個或兩個支持標(biāo)準(zhǔn)的證據(jù)）來達(dá)到可能致病性的分類，此時，定期的臨床隨訪和在其他有類似癥狀的家族成員中進(jìn)行VUS變異篩查可能是有助于提高致病性的最為快捷便利的途徑。因此，正確的基因檢測報(bào)告需要臨床醫(yī)生與實(shí)驗(yàn)室之間的密切溝通才可能實(shí)現(xiàn)。

作者的話

一直以來，臨床醫(yī)生對于基因檢測陽性報(bào)告的渴望與實(shí)驗(yàn)室解讀人員對于變異致病性判讀的謹(jǐn)慎性之間就存在一定的意見差異。

與無法給予臨床任何指導(dǎo)意義的臨床意義未明變異（VUS）相比，臨床老師可能更希望看到更多的（可能）致病性變異，也因此希望使用更為寬松的致病性判讀規(guī)則將暫時還缺少一點(diǎn)致病性證據(jù)（如一個或兩個支持性致病證據(jù)）才能達(dá)到可能致病的VUS，通過增加一些可能目前不太適合使用或不太推薦使用的證據(jù)直接升為可能致病，如目前推薦放棄使用的PP5（其他權(quán)威實(shí)驗(yàn)室認(rèn)為該變異致病但無具體證據(jù)）和很多基因都不適合使用的PP2（基因上良性變異罕見且錯義變異為主要致病方式的新錯義變異）。但這樣做實(shí)際上可能面臨風(fēng)險(xiǎn)，畢竟，過高地估計(jì)變異位點(diǎn)的致病性最終可能會導(dǎo)致不太正確的臨床決策，包括治療方案及優(yōu)生優(yōu)育的選擇，從而引起糾紛。

對于臨床實(shí)驗(yàn)室來說，在遺傳性心血管病、尤其是心肌病的變異解讀過程中應(yīng)用ACMG致病性判斷規(guī)則時，可能都要略微謹(jǐn)慎一些，畢竟這些疾病大多具有外顯率不全、表現(xiàn)度差異大、且遺傳異質(zhì)性等特點(diǎn)。因此，除了依賴國際普遍接受的ACMG基本解讀規(guī)則及ClinGen提出的基因或疾病特異性解讀規(guī)則外，臨床實(shí)驗(yàn)室也應(yīng)綜合考慮到基因自身的特點(diǎn)、疾病的臨床及遺傳特征（外顯率及表現(xiàn)度）及此前的自身經(jīng)驗(yàn)及內(nèi)部數(shù)據(jù)庫積累，針對某些基因及疾病適當(dāng)?shù)剡M(jìn)行規(guī)則的調(diào)整。

而對于致病可能性比較大的VUS位點(diǎn)，臨床實(shí)驗(yàn)室應(yīng)該更加積極地與臨床老師進(jìn)行溝通，盡可能地通過后續(xù)定期的臨床隨訪和在其他有類似癥狀的家族成員或親生父母中進(jìn)行VUS變異篩查來幫助提高位點(diǎn)的致病性（如變異與患病家系成員間存在共分離，或無家族史患者攜帶的與疾病相關(guān)的新發(fā)變異等），這也是目前臨床基因檢測中最為快捷和便利的幫助提高報(bào)告陽性率的途徑。同時，臨床實(shí)驗(yàn)室也應(yīng)對最新文獻(xiàn)進(jìn)行追蹤，同時定期對此前數(shù)據(jù)進(jìn)行再分析，以便發(fā)現(xiàn)更多科技發(fā)展帶來的新致病證據(jù)，從而使此前的報(bào)告更為精準(zhǔn)。

安智因生物醫(yī)學(xué)部的全體解讀人員一直以來也是秉持著上述原則，積極與臨床醫(yī)生溝通，定期進(jìn)行文獻(xiàn)更新與數(shù)據(jù)再分析，希望能夠?yàn)榕R床及患者都提供更為精準(zhǔn)的基因檢測報(bào)告與遺傳咨詢。

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編輯：彭鑫蕊

審校：趙燕檬