Nature Microbiology｜香港大學研究團隊揭示識別驅動禽流感在哺乳動物中持續傳播的基因標記

2026年1月27日，香港大學Tommy Tsan-Yuk Lam、管軼共同通訊在《Nature Microbiology》（IF=19.4）在線發表題為“Genomic features associated with sustained mammalian transmission of avian influenza A viruses”的研究論文。該研究鑒定了與甲型禽流感病毒持續哺乳動物傳播相關的基因組特征。

該研究檢測了115，520個IAVs全基因組的GC含量和GC二核苷酸頻率，包括僅在鳥類中發現的病毒，與偶發性哺乳動物感染相關的病毒，以及與持續的哺乳動物間傳播相關的病毒。使用這種基因組信息的支持向量機(SVM)模型被開發用于以高準確度區分持續存在的哺乳動物IAVs和其他IAVs。

偶爾發生的嚴重流行病和年度流行病使甲型流感病毒(IAVs)成為一個持續和突出的公共衛生問題。盡管人們認為IAVs在人類中無處不在，但實際上很少有病毒亞型和譜系能夠在人類或其他哺乳動物中持續傳播多個季節。所有這些譜系最終都起源于在水生鳥類中傳播的病毒，水生鳥類是IAVs的天然宿主。

目前，持續存在的哺乳動物譜系是季節性人類pdm09源H1N1和H3N2、馬H3N8、犬H3N2和豬歐亞禽樣H1N1 IAVs2。另外四個H1和H3血統現在或曾經在豬宿主中被發現。此外，一種馬H7N7、一種馬源性犬H3N8和完全或部分禽源性人H1N1和H2N2 IAVs以前曾傳播過。這些在鳥類中大量傳播的IAVs是如何能夠在哺乳動物中持續存在的還不清楚。

IAVs宿主特定譜系的分配

從鳥類到哺乳動物的偶發性禽流感病毒傳播更加頻繁，并持續觀察到。這些病毒似乎無法在其新宿主中引起有效的持續傳播，但只會導致持續數周至數月的動物流行病。然而，當這些病毒偶爾感染人類時，不可避免地存在一種可感知的風險，即它們可能發展成持續的人際傳播并引發大流行，特別是如果意想不到的哺乳動物宿主，如水貂、狐貍、鰭足類動物和牛也參與其中。當出現大量人感染禽流感病毒的零星病例時，這種持續人際傳播的威脅尤其明顯，如H5N1、H5N6、H7N9和H9N2亞型。

在這里，研究人員使用生物信息學分析方法測量了115，520個IAVs全基因組中GC含量和GC二核苷酸的頻率。研究發現，持續存在的哺乳動物譜系顯示出GC相關含量下降的趨勢，并且可以可靠地從僅在鳥類和零星感染哺乳動物的IAVs中分離出來。類似地，持續存在的哺乳動物譜系的最早病毒顯示出GC相關含量減少，這表明這一特性可能在一定程度上有助于它們最終的持續存在。最近在貂、狐貍和人類中傳播的高致病性2.3.4.4b H5病毒也具有GC相關含量降低的特征。盡管還不充分，但降低GC相關含量可能是持續哺乳動物傳播的必要條件，應該包括在疫情流感的風險評估工具中。

文章來源：iNature

文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41564-025-02257-4