單細胞00.讓大佬賦能，讓AI賦能！開放麥，等您來！

陽歷已經進入2026年，陰歷蛇年還沒進入2025年臘月。在這個冬天已經到來，春天快要開始的時間，我們再做一次單細胞21天打卡學習。許諾果友的空間組和上游分析教程因為各種原因擱置，深感抱歉。馬年，我們一定會呈現給大家。書歸正傳，說回單細胞。說句實在話，都2026年了，如果還不懂單細胞，就跟幾年前不知道生信一樣，已經落伍了。

當然，更大的困惑是，我們知道了生信，學會了代碼，但是仍然不能開展一個課題，發表哪怕一篇論文！換句話說，“學了這么多代碼，卻連一篇論文都發不了"。簡直是過去常說的那句“讀了那么多書，卻仍然過不好人生！”的翻版！當溫州醫科大學的本科生可以發表40多篇論文，這就說明生信論文發表周期是快于傳統的基礎研究論文的。問題不是生信，而在于做生信分析的人。

生信不是全能的，寫代碼也并不是做科研！有句話說，有道無術，術尚可求；有術無道，止于術。用在科研上，這里的道就是科研思維，這里的術就是寫代碼或者生信分析。很多小伙伴可能學會了寫代碼，做生信分析，但就是沒有掌握科研思維，或者片面點說，沒有掌握生信思維，而只是學到了一些代碼，有的甚至代碼也沒學好。

歡迎加入，單細胞21天打卡學習！

因此，想做課題，發論文，最重要的反而不是代碼，而是科研思維。思維這個東西本身就是形而上的，看不見、摸不著，但卻真真切切地存在，像風、像電，是科學，而非玄學。只要是科學，他就有規律，就可以被我們學習，就有方法。最好的科研思維培訓，既不在大佬們的會議分享或課堂上，也不在一系列培訓課上（包括我們的集訓課和周末論壇），而在于每一個實際推進、實際落地的課題之中。說白了，就是經典文獻！

會議主題：單細胞學習總動員

會議時間：2026/01/11 19:00-20:00

發起主持：芒果師兄

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經典文獻之所以經典，就在于他們把形而上的科研思維具象化了。我們從經典文獻中提煉出科研元素，然后自由組合，實踐落地，就能做出新課題了。因此，這次單細胞21天打卡學習，我們從“一篇頂百篇”的10篇經典文獻開始。本次解讀，我們換個視角，可能會帶給大家耳目一新的感覺。

如果說生信分析有啥用，那就是，沒課題的時候幫著找課題，沒機制的時候幫著找機制。如果說生信分析怎么做，上面三句話就夠了。近期被這句話點醒：在單細胞、多組學的背景下，對腫瘤微環境中關鍵免疫細胞亞群的深入研究變得至關重要。忽然發現，好多經典文獻就是這樣做的，只是當時已惘然。

經典文獻101。2020年Cancer Cell雜志上題為Cooperation between Constitutive and Inducible Chemokines Enables T Cell Engraftment and Immune Attack in Solid Tumors的研究論文。該研究首先篩選并驗證趨化因子CCL5和CXCL9與腫瘤中CD8+ T 細胞的浸潤相關。再通過一系列實驗鑒定和確認CCL5來源于腫瘤細胞，CXCL9則源于單核細胞和樹突狀細胞，是被干擾素-γ誘導表達的。Fig3的結論是CXCL9可能與腫瘤中淋巴細胞的募集有關，且CXCL9主要由腫瘤相關巨噬細胞和樹突狀細胞產生。Fig1~Fig3屬于表型探究，Fig4屬于機制探究，Fig5~Fig7屬于臨床意義探究。

精讀文獻102。2018年5月，Immunity雜志發表題為Co-inhibitory Molecule B7 Superfamily Member 1 Expressed by Tumor-Infifiltrating Myeloid Cells Induces Dysfunction of Anti-tumor CD8+ T Cells的研究論文。阻斷PD-1/PD-L1通路可使部分腫瘤中的CD8+ T 細胞恢復活力，但有些腫瘤抗PD-1治療總體反應率僅為 20%~30% ，表明可能存在驅動 T 細胞耗竭的其他機制。B7H4在多種實體瘤被發現，且與患者預后和腫瘤中 T 細胞的浸潤負相關。因此，B7H4是腫瘤免疫療法一個有希望的候選靶點。

精讀文獻103，尋找新型免疫檢查點分子。通訊作者是陳列平教授。自1990年代開始一直致力于免疫共刺激、共抑制分子的免疫調控機制及其在腫瘤和其他疾病中的轉化研究。2019年1月，在Cell雜志上發表題為Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3的研究論文，基于cDNA文庫質粒高通量轉染，并通過結合實驗和阻斷實驗，首次發現并證明，纖維介素蛋白1（FGL1)是LAG-3的抑制性功能配體，揭示其在腫瘤免疫中的作用。

精讀文獻104，CRISPR文庫高通量篩選體系、驗證策略。2021年9月，Nature雜志發表題為Inter-cellular CRISPR screens reveal regulators of cancer cell phagocytosis的研究論文。該研究通過CRISPR文庫雙篩選系統，在巨噬細胞中使用全基因組篩選，發現并鑒定G蛋白偶聯受體GPR84增強了對APMAP缺陷腫瘤細胞的吞噬作用，揭示了對抗體誘導吞噬作用易感腫瘤的內在調節因子。

芒果文獻105，外泌體 PD-L1 與腫瘤免疫逃逸。2018年8月，Nature雜志發表題為Exosomal PD-L1 contributes to immunosuppression and is associated with anti-PD-1 response的論文；2019年4月，Cell雜志發表題為Suppression of Exosomal PD-L1 Induces Systemic Anti-tumor Immunity and Memory的論文。兩篇論文的核心是腫瘤細胞釋放外泌體PD-L1，并通過淋巴系統或血液流到淋巴結，遠程影響并阻止免疫細胞的抗腫瘤作用。因此，外泌體攜帶的PD-L1不是關閉腫瘤表面的免疫反應，而是在免疫細胞到達腫瘤之前就抑制了免疫細胞。

芒果文獻106，可溶性蛋白PCSK9與腫瘤免疫逃逸。2020年11月，Nature期刊發表題為Inhibition of PCSK9 potentiates immune checkpoint therapy for cancer的論文。該研究發現，腫瘤細胞通過分泌 PCSK9 抑制腫瘤細胞MHC-I類分子抗原肽的呈遞，同時抑制殺傷性 T 細胞表面TCR的表達，從而抑制抗腫瘤免疫。通過基因刪除或PCSK9抗體抑制劑的功能缺失實驗，可增加MHC-I類分子在腫瘤細胞表面的表達，從而促進細胞毒性 T 細胞在腫瘤內的浸潤。

芒果文獻107，如何用9例臨床樣本發頂刊？2023年12月，Cell期刊發表題為Human inherited CCR2 deficiency underlies progressive polycystic lung disease的論文，描述了單核細胞趨化因子受體CCR2完全缺乏引起人類肺部疾病的表型，并闡明其中的機制和臨床價值。這篇只有 9 例樣本的遺傳病研究，可以說是問題來自臨床，解決來自科研，應用回歸臨床的典范。這項研究最難的點在于，作者是如何想到把 9 例肺泡蛋白沉積癥、進行性多囊肺病和復發性感染患者的樣本進行全外顯子測序的。

芒果文獻108，張澤民團隊經典論文（單細胞+干濕結合）！2022年12月，Nature雜志發表題目為Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity的研究論文。文章運用單細胞測序技術描繪了原發肝癌的免疫微環境景觀并進行分型，重點關注其中的腫瘤相關中性粒細胞（TAN）。

芒果文獻109，建模型，選表型，定基因，頂刊是這么玩的！2023年12月，Cell雜志發表題為Prolonged sleep deprivation induces a cytokine-storm-like syndrome in mammals的研究論文。研究發現，睡眠不足可能會導致嚴重的病理生理后果，甚至誘發死亡！在長達4天熬夜之后，生物體表現出嚴重的炎癥反應，約有80%死亡。表型、基因之間的關系，通過模型驗證！

芒果文獻110篇，生信推動實驗，實驗引導生信，干濕結合文章！2021年8月，Cell雜志發表題為CXCR6 positions cytotoxic T cells to receive critical survival signals in the tumor microenvironment的研究論文，通過單細胞測序＋濕實驗驗證，深入闡釋CXCR6 T 細胞在抗腫瘤免疫中的關鍵作用。這篇文章就妙在，單細胞推動實驗，實驗又引導生信，兩者相互成就，是非常好的干濕結合文章。機制部分并不好做，但作者通過生信分析+數據挖掘，確定DC3與CXCR6 T 細胞的互作及其機制。值得借鑒！

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